Não há nenhuma limitação definida para o tamanho máximo do arquivo, que você pode carregar pelo Gerenciador de Arquivos disponível no cPanel.
Entretanto, não é recomendável fazer o upload de grandes arquivos através do Gerenciador de Arquivos cPanel e ou qualquer outra aplicação que realize o upload por meio da Web, uma vez que a transferência poderá expirar e corromper o arquivo, se isso ocorrer, você terá que reiniciar a transferência, e dependendo do tamanho do arquivo poderá ficar neste ciclo de tentativas de envio sem sucesso.
Em vez disso, é altamente recomendável utilizar o seu FTP para realizar o upload de grandes arquivos, podendo utilizar o programa de FTP que desejar, como por exemplo o FileZilla.
